提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
港澳台侨同胞福建宁德叙乡情话发展:共同讲好家乡故事******
中新网宁德1月30日电 (林榕生)“在我眼中的宁德,城乡面貌发生了巨大变化,群众生活得到了明显改善。”加纳福建商会常务副会长、加纳新世纪矿业服务公司董事长钱世浩30日在福建省宁德市对中新网记者说。
当天晚上,宁德市海外联谊会2023年新春恳亲座谈会举行,返乡过年和在宁的海外、港澳代表人士及海联会常务理事等40余人欢聚一堂,共叙乡情、共话发展。
钱世浩说,宁德正华丽转身为宜业、宜居、宜游的新兴高新技术、能源、港口城市,将发挥自身人脉资源,保持好、维系好、拓展好自己的海外“朋友圈”,多种形式讲好中国故事、推介宁德发展,为家乡的经济建设更上一层楼略尽绵薄之力。
地处福建东北部的宁德市,近年来发展形成锂电新能源、新能源汽车、不锈钢新材料、铜材料等四个具有国际竞争力的主导产业集群,并成长为福建高质量发展的重要增长极,经济总量从全省第8位晋升至第5位,一举跨入中国百强城市行列。
“国内发展很好,商机也多。”2014年到安哥拉发展事业的安哥拉福建总商会副会长兼秘书长、世界福建青年联合总会副监事长林子清称,这些年,宁德的变化非常大,高楼林立,营商环境变好,民众的幸福指数也有很大的提升。
看到家乡发展得越来越好,林子清在国内投资了市政工程,还和亲戚合伙从事养殖类的生意。她说,将通过自身对外宣传好宁德的优势,让更多的海外华侨华人回乡投资。
2012年,香港宁德市同乡总会常务副会长、香港宁德市蕉城联谊会会长李哲生回乡从事家具设计及生产。20年来,李哲生一路见证了宁德的发展变迁。他说,近年来宁德发展迅速,未来发展空间大、商机多,将努力推动宁德与香港在文化交流和经济领域的合作,也将通过自身的资源及优势,做好宁德的“传声筒”,对外讲好宁德故事,为家乡建设、发展做贡献。
宁德是福建的重点侨乡,宁德籍海外华侨华人达45.8万余人,遍布73个国家和地区。据官方不完全统计,目前,在宁德的侨(港澳)资侨(港澳)属企业有150多家,主要从事新能源、医药生物、房地产、石化、电机、酒店等产业。
宁德市委统战部副部长、侨办主任、市海联会常务副会长陈良生表示,希望广大港澳台同胞、海外侨胞、海联会理事继续发扬爱国爱乡的优良传统,一如既往地关心、支持和参与家乡建设,共同为宁德全方位推进高质量发展作出新的更大贡献。(完)